Según datos del archivo nacional, el Municipio de San Francisco fue fundado el 14 de enero del año 1903, anteriormente era una aldea conocida con el nombre de Jimerito, que pertenecía al municipio de San Francisco, desde el año 1902.
San Francisco conocido como Jimerito era una zona bananera que luego se le llamó Frisco.
Las aldeas del municipio desde su creación fueron siete (7): San Francisco, Artiaga, San Marcos, La Cuarenta, Santiago, El Paraíso y Cuero, son pocas las que se mantienen con su nombre original y muchas pasaron a formar parte de otros municipios creados después.

Para el censo de 1974 existían siete aldeas, ya modificadas por la creación del municipio de San Francisco. Estas mantienen sus nombres hasta la fecha. Para el censo de 1988 y el censo del 2001 se registran once (11) aldeas y tres (3) caseríos en el municipio, incorporando los nombres de San Francisco, Frisco Uno, Rio Cuero, Saladito, Las Camelias, Fruteras, Santiago Arriba, Santa Ana, Micely, Boca del Toro, Paguales, Santiago Abajo y tres caseríos, Buena Vista, La Ensenada y El Sitio.
Los primeros habitantes de San Francisco, provenían principalmente de Olanchito, Arenal (Yoro), de Costa Arriba y de Colón. Al crearse el municipio de San Francisco, su jurisdicción abarcaba todo lo que hoy es el municipio de La Másica, parte del Municipio de Esparta donde tuvo ejidos de San Francisco y llegaba hasta San Juan.
San Francisco alcanzó su mayor auge económico cuando funcionaban la Compañía Bananera Vaccaro Bross, época en la cual se instaló el agua de tubería (1920-1922).
El sistema de trasporte era por ferrocarril, burra de línea y a lomo de mula.

En el año de 1926 gobernación política fija los límites o separación de San Francisco, Atlántida.
El nombre de San Francisco se debe en homenaje al Diputado al Congreso Nacional, Dr. Francisco A. Matute, por sus esfuerzos en la creación del Departamento de Atlántida.